La plateforme PRISM a participé au projet OmegaTruite financé par le fond Européen pour la pêche et l’aquaculture (FEAMP) et FranceAgrimer. Coordonné par le SYSAAF,portait sur l’étude des paramètres génétiques des caractères de qualité chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Les objectifs étaient triples :

  1. estimer l’intérêt de l’apport de la sélection génomique pour améliorer les méthodes de sélection des caractères de croissance, de rendements de découpe et de qualité de la chair de la truite arc-en-ciel à l’aide de trois technologies de phénotypage basées sur les micro-ondes , l’analyse d’images numériques et l’IRM,
  2. tenter de détecter des zones chromosomiques (loci) associées à des caractères quantitatifs (QTL),
  3. et tenter d’identifier les gènes candidats présents dans ces régions QTL.

L’étude a recueilli des données de 1379 poissons sur les caractères de croissance, de rendements de découpe, d’adiposité et de couleur de la chair (graisse totale, pourcentage de graisse dans le tissu adipeux sous-cutané, pourcentage de gras dans la chair, couleur de la chair). Les poissons ont ensuite été génotypés à 57000 marqueurs.

les méthodes de quantification haut débit par IRM, développées par PRISM, ont permis d’évaluer rapidement et de manière précise, répétable et automatisée des caractères d’intérêt complexes comme le dépôt de gras sous-cutané, la teneur en lipide de la chair (sans gras sous-cutanée ou muscle rouge), les gras de parages ventral et dorsal. L’IRM permet une mesure haut-débit, à la cadence d’une darne par minute.

Le transfert de son application chez un poissons marin (le bar) ou pour évaluer le rendement en chair des huitres est en cours dans 2 autres projets, là encore pour développer des méthodes de phénotypage pour l’amélioration génétique.

Les résultats complets sont disponibles dans

Blay C, Haffray P, Bugeon J, D’Ambrosio J, Dechamp N, Collewet G, Enez F, Petit V, Cousin X, Corraze G, Phocas F and Dupont-Nivet M (2021) Genetic Parameters and Genome-Wide Association Studies of Quality Traits Characterised Using Imaging Technologies in Rainbow Trout, Oncorhynchus mykiss. Frontiers in Genetics. 12:639223. doi: 10.3389/fgene.2021.639223

Les partenaires du projet sont :

  • Université Paris-Saclay, INRAE, AgroParisTech, GABI, Jouy-en-Josas, France
  • INRAE, LPGP, Rennes, France
  • Les Sources de l’Avance, Pissos, France
  • MARBEC, Université de Montpellier, CNRS, Ifremer, IRD, Palavas-les-Flots, France
  • INRAE, Université de Pau & Pays Adour, E2S UPPA, UMR 1419 NuMéA, Saint-Pée-sur-Nivelle, France